大的卵巢囊肿腹部检查即可摸到，较大的妇科双合诊和三合诊可以查到。但小的囊肿和囊肿性质判断则需要借助超声波来判断，CT和核磁也可用于诊断，对于恶性肿瘤有无转移和范围也可帮助判断。另外肿瘤标记物CA125、CA199、CEA在鉴别方面也有一定价值。
如何区分卵巢囊肿生理性还是病理性？
卵巢囊肿是妇女常见的一种疾病，有生理性（随月经周期变化可能自然消失而不用治疗）和病理性（由于疾病而形成的囊肿）之分。生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
区分方法：
(1)年龄：青春期前儿童或绝经后妇女，卵巢囊肿多数是异常的。近青春期或刚绝经妇女，小囊肿也可能是卵泡
(2)囊肿性质：B超囊肿为无回声且无分隔的直径小于5cm囊肿，可先观察3个月；大于5cm持续存在建议手术。对于囊实、实性或合并腹水、CA125升高患者则卵巢恶性肿瘤可能。
哪些卵巢囊肿怀疑恶性？
以下几种情况恶性可能增加，应引起注意：
(1)实性：50%是恶性；
(2)双侧：良性只有5%是双侧，恶性可达70%；
(3)消化道症状，如厌食、上腹不适；
(4)囊肿检查时活动不好，不规则，边界不清；
(5)有腹水；
(6)生长迅速；
(7)CA125明显升高；
(8)B超提示有乳头、囊实性或血流丰富。